Una continua esposizione del suolo agli antibiotici sta letteralmente cambiando infatti la sua composizione batterica.  Un'attenzione particolare è stata data a due classi di farmaci largamente utilizzati negli allevamenti, i sulfamidici e le cefalosporine, entrambi capaci di entrare nel suolo attraverso il letame, comportando una diminuizione dei batteri fondamentali per la buona qualità del suolo e facendo aumentare i patogeni; tra i più  pericolosi ci sono quelli che si disperdono per via aerea, provocando malattie respiratorie. L’assorbimento degli antibiotici è principalmente influenzato dal pH del suolo, dalla sua sostanza organica e dai suoi minerali. L’assorbimento di sulfametazolo e sulfametazina  è più forte nei terreni argillosi che in quelli sabbiosi. Una volta che il letame contaminato  è applicato ai suoli agrari, le colture sono esposte all’antibiotico per un periodo di tempo che varia da qualche giorno a qualche mese in relazione al tipo di antibiotico, alla dose e alle interazioni con il suolo e i fattori ambientali. La maggior parte delle ricerche effettuate sulla fitotossicità degli antibiotici, hanno mostrato una significativa riduzione delle radici, nella lunghezza dello stelo e nella lunghezza delle foglie in diverse colture. Le conseguenze inevitabili dell'uso intensivo di antibiotici sono l'infertilità del suolo, la diminuzione dei raccolti, e soprattutto l'aumento di batteri pericolosi per l 'uomo.

Un lavoro particolarmente interessante è stato condotto da un team internazionale e multidisciplinare (Carl Wepking, Bethany Avera, Brian Badgley, John E. Barrett, Josh Franklin, Katharine F. Knowlton, Partha P. Ray, Crystal Smitherman, Michael S. Strickland), e pubblicato il 29 Marzo 2017 su Proceedings of the Royal Society of London. http://rspb.royalsocietypublishing.org/content/284/1851/20162233

In questo lavoro è stato ampliamente dimostrato come differenti comunità microbiche sia batteriche che fungine presenti nel letame, modifichino la propria resistenza agli antibiotici a seconda se provengano da allevamenti intensivi o meno.Sono stati studiati in particolare i microrganismi presenti nel letame prodotto in allevamenti di mucche da latte, e si è visto che il gene della resistenza Beta-lattamica ampC era aumentato di ben 5,2 volte, e ciò si traduceva in una maggiore resistenza agli antibiotici della classe delle cefalosporine.